Teólogo reformado, nació en Oudewater (Países Bajos) y se educó en varias universidades de su propio país y de Suiza (Ginebra y Basilea). Vuelto a Holanda, fue pastor de una iglesia en Amsterdam (1588-1603) y profesor en Leiden desde 1603 hasta su muerte prematura. En esta ciudad, y mientras todavía era estudiante, conoció al pastor Caspar Coolhaes que, en contra de Calvino, creía que las autoridades civiles tenían ciertos poderes en cuanto a algunos asuntos eclesiásticos y tenía un espíritu más tolerante e independiente que Calvino. Se cree que ejerció una fuerte influencia sobre Arminio.
En 1608 Arminio suplicó a los Estados de Holanda convocar un sínodo para calmar la controversia sobre la predestinación, pero, agotado y enfermo, murió antes de que se celebrara. Sus seguidores explicaron sus doctrinas en su Protesta a los Estados Generales, pidiendo cambios en el catecismo aceptado entonces. La resistencia fue tan contundente y acalorada que todos los arminianos hubieran de marchar al exilio. Los teólogos ingleses fueron receptivos al arminianismo, de forma que pasó a formar parte de la teología inglesa posterior, tanto del anglicanismo como del metodismo, que le proporcionó un medio eficaz de diseminación universal.
Arminio no escribió un cuerpo de doctrinas como la Institución de Calvino, pero escribió muchísimo, tanto en sus años de pastor como en los de profesor de teología. Sus escritos tuvieron, casi todos, carácter polémico. También escribió para defenderse de lo que él llamaba “incorrectas representaciones de sus puntos de vista”. Especialmente interesante es su libro Setenta y nueve Discusiones Privadas, obra póstuma que recoge sus notas de clase de cuando era profesor en Leiden.
Arminio aseguraba que Dios concede el perdón y la vida eterna a todos los que se arrepientes de sus pecados y creen en Jesucristo. Dios quiere que todos se salven, y sólo porque ha previsto desde la eternidad la creencia o increencia delos individuos, ha determinado desde la eternidad el destino de cada uno.